macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

superTranscript

よく似たゲノム情報を使い不完全なゲノム情報しか持たない種のRNA seq解析の精度を上げる自動化されたツール Necklace

2018 10/31、11/2 タイトル、コード等修正、docker追加 シーケンシングされた種の数が増加しているが、ゲノムの大部分は不完全である。それらにはギャップが含まれていても、配置されていない領域が残っていてもよく、アノテーションが不十分な場合もある。…

SuperTranscripts 其の2

Githubで紹介されている、Supertransctiptsを非モデル生物のRNA seq解析に適用する場合の流れを確認する。以下のようなフローをとる。 de novoアセンブリして得たcontigにマッピングして定量し、定量結果からクラスタリングする。そのクラスタリング情報を使…

SuperTranscripts 其の1

ハイスループットシークエンシングは、cDNA配列のシーケンスを可能にし、単一の手頃なアッセイを用いて発現レベルを定量化することができるため、トランスクリプトミクスに革命をもたらした[論文より ref.1,2]。 RNAシークエンシング(RNA-seq)は、遺伝子レ…