macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

reciprocal best hit

ANIを計算する改善されたアルゴリズム orthoani

細菌・古細菌における種の分類は、主にゲノム全体の関連性に基づいて行われており、現代の微生物学の枠組みとなっている。現在、2つの系統間の類似度は、実験的に決定されたDNA-DNAハイブリダイゼーション(DDH)による類似度から、ゲノム配列に基づく類似度…

(プロテイン)レシプロカルベストヒットを抽出する getRBH.pl

タンパク質配列の迅速な比較のためのソフトウェアの著者は、そのソフトウェアの速度を評価し、その結果をそのタスクのための最も一般的なソフトウェアと比較しているが、より特殊な用途、例えば、Reciprocal Best Hit(RBH)としてのオルソログの発見のよう…