macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

motif

初めてコマンドを使う人向けの解説:その1、指定した領域から配列を抽出する

2019 9/20追記 ゲノムのダウンロード この記事では、初めてコマンドで動作するツールを使う方向けにゲノムの指定した領域から配列を抽出する方法について説明します。コンピュータはmacを想定しています。普通はpython3やanacondaを入れ、condaのコマンドを…

膜貫通領域を予測する TMHMM

TMHMMは膜貫通領域を予測するツール。膜タンパク質であるかどうかの判定にも用いられる。 webサーバー版 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ マニュアル 解凍したディレクトリにユーザーガイド(TMHMM2.0.html)あり。 TMHMM2.0 インストール 依存 perl …

タンパク質ドメインを検索する HMMER

2019 6/25インストール追記 HMMERはタンパク質のドメイン検索に使われるツール。Pfamなどのタンパク質ドメインのデータベースを使い、ドメインの検索を行ってアノテーションをつけることができる。ここではhmmscanを試す。 webサーバー https://www.ebi.ac.u…

シグナルペプチド切断部位を予測する signalP

SignalPは、タンパク質のシグナル配列の切断部位を予測するツール。商用の解析ソフトCLCにも導入されている。 web server版とローカル版がある。 signalIP4.1 webサーバー http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ web server版は統合TVを参考にしてくださ…