macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

metadata

SRAなどのシーケンシングデータを一括ダウンロードする grabseqs

2020 4/1 タイトル修正、誤字修正 ハイスループットシーケンシングは、生物学的な疑問を解決するための強力な技術である。Grabseqsは、Sequence Read Archive(SRA)、Metagenomics Rapid Annotation through Subsystems Technology(MG-RAST)サーバー、iMi…

データベースのゲノム情報とAMR耐性/感受性情報から細菌のAMR表現型を予測する VAMPr

2020 3/37 タイトル修正 Antimicrobial resistance(AMR)は、公衆衛生に対する脅威の増加である。 AMRを決定する現在の方法は、非効率的な表現型アプローチに依存しており、多くの病原体と抗菌薬の組み合わせのAMRメカニズムの理解が不完全なままとなってい…

SRAのメタデータを取得したり、IDを変換するツールキット pysradb

いくつかのプロジェクトはDNA-seq [ref.1]とRNA-seq [ref.2、3]データセットの要約を分析して公表する努力をしている。 NCBIのSRA(Sequencing Read Archive)[ref.4]からメタデータと生データを入手することは、公開されている次世代のシークエンシングデー…