macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

mSystems

バクテリアとアーキアのアミノ酸生合成パスウェイを調べる GapMind

ゲノム配列は何万もの微生物について利用可能である。これらの微生物のほとんどについては、分離された条件以外にその生理学についてはほとんど知られていない。また、酵母エキスのような複雑な基質を用いて単離された微生物の場合、その栄養所要量について…

DEICODE

β多様性とは、生物群集間の分類学的または系統的構成の違いを表す生態学的な概念である。β多様性法は、多くのマイクロバイオーム統計解析パイプラインの主要なコンポーネントとなっている。これらの分析により、複雑な微生物群集の概要を把握し、微生物群集…

計算リソースを効率的に使って多数のよく似たバクテリアゲノムを素早く分析する自動化されたパイプライン Bactopia

2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムのシーケンシングは、多くの場合、扱いやすい分析手法よりも速くデータが生成される手順になって…

興味があるタンパク質情報を文献やデータベースからマイニングする PaperBLAST

ゲノムシーケンスは、タンパク質の機能が決定される速度をはるかに超えて、新規タンパク質の発見を加速している(ref,1)。ゲノムシーケンスを解釈し、これらの予測されたタンパク質の役割のアノテーションを付けるには、新規タンパク質と特徴付けられたタン…

メタゲノムデータからrRNAをターゲットアセンブリし、系統アサイン、定量、比較する phyloFlash

2019 5/9 インストール追記 2020 6/11 インストール方法修正 2020 6/16 trusted contigのコマンド追記 2020 10/28 論文追記 ショットガンメタゲノミクスは、微生物群集の機能を調査し、それらの系統または分類学的な構成を決定するための強力なツールである…