macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

library

SVのgenotypingを行うsvtyper

svtyperはspeedseqのツールの一部として提供されているvcfのgenotype情報追加ツール。vcfにgenoetype情報を追加して、追加したgenotype情報を元に、主にfilterlingするために使われる。Parliament2でも使用されている。 speedseqは以前紹介しています。 ヒト…

インタラクティブなDNA配列の2次元プロットを作成する Squiggle

次世代シークエンシング技術の登場により、DNA配列解析は、バイオインフォマティクスと生物学の両方でますます一般的なツールとなっている。この理由から、注釈されていないDNA配列を迅速に検査する能力は極めて重要である。しかし、FASTAファイルに含まれる…

データに適したグラフフォーマットとその描画コードを教えてくれる From Data to Viz

From Data to Vizは、決定木(wiki)を使ってデータの可視化に適したフォーマットを教えてくれるwebサイト。 From Data to Vizに関するツイート。 From data to Viz | Find the graphic you need 下記の決定木を使い、自分の所有しているデータタイプに適し…

Fermi-lite

Fermi-liteはHeng Liさん(wiki)がGithubで公開されているスタンドアロンのCライブラリ。イルミナのショートリードを100bpから1,000万bpの領域でアセンブリするコマンドラインツールとしても機能する。Fermi-liteはオーバーラップベースのアセンブリを行う…

メタゲノムデータの平均ゲノムサイズや総カバレッジを推定する MicrobeCensus

ショットガンメタゲノミクスは、人体や環境の微生物群集の機能的構成を特徴づけるためにますます使用されてきている[論文より ref.1-4]。これらの研究の共通の目標は、遺伝子ファミリー存在量を定量化し、環境、宿主の表現型、または実験条件の間で豊富さが…

bam/samのカバレッジなどを計算する pysamstats

pysamstatsはsamのstatisticsを出力できるツール。pileup出力のほか、一定のbinサイズでの出力もできる。ライブラリとしての活用も視野に設計されている。 インストール 本体 Github Anacondaなどの環境下なら、condaで導入する。 conda install -c bioconda…

deeptools

deeptools2のペーパーより ハイスループットシーケンスデータのデータの分析は、引き続き研究者にとって大きな課題となっている。ハイスループットシーケンシングを用いた実験の多様性が急速に高まっているため、分析パッケージの数が増加し、洞察に富んだ視…

FASTA分析に使えるpythonライブラリ Goldilocks

Goldilocksは基準を満たす領域のさらなる解析を行うために設計されたPythonパッケージである。パッケージをスタンドアロンスクリプトにインポートするか、コマンドラインツールを使用して使用できる。(一部略)Goldilocksはもともと、複数のサンプルにわた…

VCF / BCFの高速なパーサ cyvcf2

VCF形式(論文より Danecek et al、2011)は、DNAシーケンスの研究で観察された遺伝的変異を表すためのスタンダードである。 VCF形式の強みは、変異の位置、各遺伝子座におけるシーケンスされた個体の遺伝子型、ならびに広範な変異体メタデータを表す能力で…

RNA seqのリードカウント HTSeq-count

HTSeqはNGSデータの各種ハンドリングができるツール。ここではその1つhtseq-countコマンドを紹介する。htseq-countはリードのアライメントデータからカウントデータを出力するために使う。htseq-countを使うと、bamから数分でカウントデータを得ることがで…