macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

genome skimming

ローカバレッジ全ゲノムシークエンシングデータから系統樹マーカーを取り出す Patchwork

最新のショートリードシーケンサーからの出力が増加したことにより、ローカバレッジホールゲノムシーケンス(LC-WGS)は大規模な系統学へのアプローチとしてますます手頃な価格になっている。しかし、従来のシーケンシング手法と比較していくつかの利点があ…

ゲノムスキミングサンプルから種を同定する Skmer

環境サンプルの分類学的多様性を迅速かつ安価に研究する能力は、急速な気候変動と生物多様性の変化が起きているこの時代において非常に重要である。現在選択されている分子技術は、(meta)Barcoding[論文より ref.1- 3]である。伝統的な(meta)Barcodingは…