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次世代シーケンシング技術の進歩は、環境試料（すなわちメタゲノム）内の遺伝物質の全コレクションを直接シーケンシングしようと試みるメタゲノム研究を促進した。メタゲノムアセンブリは利用できないことが多いので（論文執筆時点）、ショートリードから直…
GeneMarkS-T は教師なし学習でトレーニングされたRNAのタンパク質コード領域を予測ツール。原核生物向けのGeneMarkSを真核生物向けに拡張して作られた。データサイズに寄らず一定の検出率を示すため、データが莫大になるメタトランスクリプトーム解析のコー…
2019 11/29 リンク追記 、タイトル修正 OrfMはcontigやアセンブルされていないリードからstopコドンの有無に関わらずorfを探索するツール。データサイズが莫大になるメタゲノム向けに設計された。非常に高速に動作し、translateやembossパッケージのgetorf、…
2019 5/8 インストール追記 2019 11/29 インストール追記 TransDecoderはアセンブリなどで作ったcDNA配列からコード領域を見つけるツール。 RNA seq実験でdo novo assemblyした配列や、cuflinksなどのgenome guide assemblyなツールで作った配列からコード領…
2018 10/6 タイトル修正 2019 4/3 説明修正 2019 4/12 dockerリンク追加 2019 5/27 インストール方法追加 2019 7/6 dockerリンク修正 2019 7/6 コマンド修正、help追加、タイトル修正 2019 8/24 インストールの説明の誤り修正、バージョンアップ追記 2019 8/…
