macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

coding region

FragGeneScan

次世代シーケンシング技術の進歩は、環境試料(すなわちメタゲノム)内の遺伝物質の全コレクションを直接シーケンシングしようと試みるメタゲノム研究を促進した。メタゲノムアセンブリは利用できないことが多いので(論文執筆時点)、ショートリードから直…

真核生物のRNAのコード領域を予測するGeneMarkS-T

GeneMarkS-T は教師なし学習でトレーニングされたRNAのタンパク質コード領域を予測ツール。原核生物向けのGeneMarkSを真核生物向けに拡張して作られた。データサイズに寄らず一定の検出率を示すため、データが莫大になるメタトランスクリプトーム解析のコー…

メタゲノム向けの高速なコード領域検出ツール OrfM

2019 11/29 リンク追記 、タイトル修正 OrfMはcontigやアセンブルされていないリードからstopコドンの有無に関わらずorfを探索するツール。データサイズが莫大になるメタゲノム向けに設計された。非常に高速に動作し、translateやembossパッケージのgetorf、…

タンパク質のコード領域を推定する TransDecoder

2019 5/8 インストール追記 2019 11/29 インストール追記 2020 7/12 仮想環境を作ってインストールするように変更, help追記,。 (コメントいただいたstepも修正しました。) 2020 8/11 リンク追加、誤字修正 TransDecoderはアセンブリなどで作ったcDNA配列…

Prokaryotesのアノテーションツール Prokka

2018 10/6 タイトル修正 2019 説明修正、dockerリンク追加、インストール方法追加、dockerリンク修正 、コマンド修正、help追加、タイトル修正、インストールの説明の誤り修正、バージョンアップ追記、crisper、IS、AMR tag追加、誤字修正、dockerを使う例を…