macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

circular

review article要約 16Sアンプリコンシーケンシングによる微生物コミュニティの定量

いくつかの例を挙げると、微生物群集は、地球規模の元素循環、排水処理プラントでの廃棄物除去、およびバイオガスプラントでのメタン生産を促進する、多くの自然および人工生態系における隠れたチャンピオンである。これらのシステムを理解しモデル化するた…

クラスタリングツール MeShClust

ヌクレオチド配列をクラスタリングすることは、生物学的データを分析するための必須ステップである。冗長性を減らし、次世代のシークエンシングデータ(論文より ref.1-6)およびゲノムをde-novoアセンブリするための先駆的な配列クラスタリングツール(ref.…

環状ゲノムのシーケンシングデータのマッピングを改善する CircularMapper

Graphフォーマットを使えば環状のリファレンスゲノムを正しく表現できるが、プレーンのFASTA形式には環状のリファレンスゲノムを正しく表現する方法が整備されていない。そのため、環状ゲノムのシーケンシングデータを"線状の"リファレンスゲノムFASTAにマッ…

ロングリードを使い環状DNAかどうか調べる Circlator

2019 2/26 condaインストール追記 デノボアセンブリの課題は、世界初の自動DNAシーケンサーの登場以来ずっと存在していた。初期ゲノムシーケンスデータのアセンブリは、大きく2つの戦略に基づいていた:BAC / YACタイリングまたは全ゲノムショットガン[論文…

環状ゲノムを探す ccontigs

ccontigsはコンティグ末端の配列がオーバーラップしているかどうか調べることで、コンティグからclosed circularなゲノムを探すツール。環状のプラスミドやウィルスを検出できるとされる。論文にはなっていない。 ただし直鎖状コンティグでも末端が重複して…