macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

circular

クラスタリングツール MeShClust

ヌクレオチド配列をクラスタリングすることは、生物学的データを分析するための必須ステップである。冗長性を減らし、次世代のシークエンシングデータ(論文より ref.1-6)およびゲノムをde-novoアセンブリするための先駆的な配列クラスタリングツール(ref.…

環状ゲノムのシーケンシングデータのマッピングを改善する CircularMapper

Graphフォーマットを使えば環状のリファレンスゲノムを正しく表現できるが、プレーンのFASTA形式には環状のリファレンスゲノムを正しく表現する方法が整備されていない。そのため、環状ゲノムのシーケンシングデータを"線状の"リファレンスゲノムFASTAにマッ…

ロングリードを使い環状DNAかどうか調べる Circlator

デノボアセンブリの課題は、世界初の自動DNAシーケンサーの登場以来ずっと存在していた。初期ゲノムシーケンスデータのアセンブリは、大きく2つの戦略に基づいていた:BAC / YACタイリングまたは全ゲノムショットガン[論文より ref.1]。これらのストラテジー…

環状ゲノムを探す ccontigs

ccontigsはコンティグ末端の配列がオーバーラップしているかどうか調べることで、コンティグからclosed circularなゲノムを探すツール。環状のプラスミドやウィルスを検出できるとされる。論文にはなっていない。 ただし直鎖状コンティグでも末端が重複して…