macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

chip-seq

エンリッチされたDNAモチーフ配列を検出する DiNAMO

一連のDNA配列が与えられた場合、モチーフ発見は、偶然によって予想されるよりも配列中で有意に頻繁なover-represented(以後、過剰表現)されたモチーフを見つけることにある。これは、バイオインフォマティクスと同程度の歴史を持ち、多数のアプリケーショ…

deeptools

deeptools2のペーパーより ハイスループットシーケンスデータのデータの分析は、引き続き研究者にとって大きな課題となっている。ハイスループットシーケンシングを用いた実験の多様性が急速に高まっているため、分析パッケージの数が増加し、洞察に富んだ視…