macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

chip-seq

StoatyDive

タンパク質の生物学的機能は、その相互作用パートナーと相互作用のモードによって決まる。これらの相互作用を研究することで、オルタナティブスプライシングや転写後調節などの細胞メカニズムに関する視野が広がる。クロスリンク、またはクロマチン免疫沈降…

 シーケンスロゴを作成するpython API Logomaker

シーケンスロゴは、DNA、RNA、タンパク質の配列の生物学的特性を視覚的に説得力のある方法で説明するが、Pythonプログラミング環境内でそのようなロゴを生成してカスタマイズすることは現在のところ困難である。ここでは、公開品質のシーケンスロゴを作成す…

シーケンシングリードの前処理を行う AUSPP

ショートリードをリファレンスゲノム/配列にマッピングできるショートリードアライナーは多数あり、それらのほとんどはFASTQファイルを入力クエリファイルとして直接受け入れることができる。ただし、通常、生データは前処理する必要がある。さまざまな次世…

pyGenomeTracks

2020 8/4 論文引用追加 出版可能な品質の複数のゲノムトラックを表示するプロットの生成は深刻な課題となる。望ましい正確な数値を作成するには、かなりの労力が必要である。これは通常、手作業で、またはベクターグラフィックソフトウェアを使用して行われ…

(モデル生物 )MNase-seqやchip-seeのアラインメントを2D plotで視覚化する plot2DO

ヌクレオソーム、これは147 bpのDNAがA約1.7ターンでヒストンオクタマーに包まれる真核生物のDNAパッケージングの基本単位である(Luger、et al、1997)。標的部位へのDNA結合因子のアクセスは、これらの部位がヌクレオソームフリー領域(NFR)にある場合、…

カバレッジトラックを視覚化する SparK

2020 3/1 コマンド修正 Integrative Genomics Viewer(IGV)やUCSCゲノムブラウザなど、NGSデータの表示に利用できる洗練されたリソースが存在するが、領域のエクスポートとpublication用の図の組み立ては依然として困難である。特に、トラックの外観のカス…

bamファイルを使ってDNA/RNAシーケンスのピーク定量やbigwigのcoverage trackを作成する BAMscale

2020 1/14 conda追記 BAMscaleは、chromatin binding(ChIP-seq)およびクロマチン状態変化(ATAC-seq、END-seq)やchromatin state changes(ATAC-seq, END-seq)、RNA seqのシーケンシングデータセットを処理するワンステップツールである 。 出力には、テ…

genome trackを可視化する svist4get

次世代シークエンシングは、生命科学の複数のハイスループットな方法を生み出した。その多くは、既存のゲノムアセンブリへのショートリードのマッピングに基づいている。マッピングされたリードの密度および計算により得られたゲノムシグナルトラックの可視…

エンリッチされたDNAモチーフ配列を検出する DiNAMO

一連のDNA配列が与えられた場合、モチーフ発見は、偶然によって予想されるよりも配列中で有意に頻繁なover-represented(以後、過剰表現)されたモチーフを見つけることにある。これは、バイオインフォマティクスと同程度の歴史を持ち、多数のアプリケーショ…

deeptools

deeptools2のペーパーより ハイスループットシーケンスデータのデータの分析は、引き続き研究者にとって大きな課題となっている。ハイスループットシーケンシングを用いた実験の多様性が急速に高まっているため、分析パッケージの数が増加し、洞察に富んだ視…