macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

barcode / index

汚染配列をスクリーニングする VecScreen

異物混入スクリーニングの目的は、人為的な理由または生物学的な理由で存在する可能性のある汚染配列を特定することである。人為的な理由としては、クローニング人工配列(ベクター、リンカー/アダプター/プライマー、大腸菌宿主DNA)、ヒトのDNA配列による…

アダプター配列情報なしでアダプタートリミングを行う EARRINGS

次世代シークエンシング(NGS)に基づくクロスサンプル比較や大規模メタアナリシスでは、リード中の汚染アダプターフラグメントの除去(すなわちアダプタートリミング)を含む、複製可能で普遍的なデータの前処理が必要となる。最新のアダプタートリマーは、…

ディープCNNによってONTのバーコーディングロングリードをdemultiplexingするdeepbinner

Multiplexing(バーコード)は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…

インタラクティブなRNA seq解析webアプリケーション iDEP

2019 5/23 tweet追記 2019 9/26 動画追加 2019 11/30 ツイート追記 2019 12/22 統合TVリンク追加 2020 2/2 8章補足資料リンク追加 2020 12/15 ツイート追加 RNAシークエンシング(RNA-Seq)[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための日常的な技術となった。ま…

最適なバーコード配列を選び出す BARCOSEL

ハイスループットシーケンス解析プラットフォームの能力の使用を最大限にするため、いくつかのサンプルを一緒にプールすることが一般的である。たとえば、現時点では、Illumina HiSeqX1回の実行で1つのレーンから数億回シーケンシングでき、新しいNovaSeqは1…

並列化に対応したアダプタートリミングツール AdapterRemoval 2

Fossil material 由来などのごく短いDNA断片のハイスループットシーケンスでは、ライブラリーの調製中にインサートにライゲーションされたアダプター配列をシークエンシングする可能性がある[論文より ref.1]。このような汚染はよく知られた問題であり、下流…

demulitiplexしてサンプルを分割する sabre

sabreはバーコードをdemulitiplexするツール。バーコードを除いたあと、バーコードに従って分割する。バーコードがないリードは別ファイルにまとめて出力される。gzip入力もサポートしている。 インストール Github https://github.com/najoshi/sabre git cl…

バーコードやアダプターをトリミングする AdapterRemoval v2

化石のようなサンプル(リンク)や昔の人の骨、歯から断片化したDNAを抽出してシーケンスシーケンスすることが増えており、それに伴ってアダプターに5'と3'両側が汚染されたシーケンスデータが増えてきている。AdapterRemoval は柔軟なパラメータセットを持…

並列化に対応し、高速にバーコードやアダプターをトリミングする FLEXBAR

FLEXBARはMultiplexで読んだシーケンスのdemultiplexやアダプタートリミングに使われるツール。柔軟な条件でランできる。よく使われているらしく、現在Flexbar3まで発表されている。解析時間は短く、100Mのリードなら数秒〜10秒程度の時間でアダプターをトリ…

固有のindex(バーコード)を設計するTagGD

index (バーコード配列) を設計する際は、判別可能かつ無駄のない適切な長さ、増幅バイアスが起きないようなGC含量、実験データとの干渉がないなどを考える必要がある。それに加えて、index配列に塩基置換、indelなどのシーケンスエラーが起きる可能性がある…

アダプターやプライマーのコンタミを除く AlienTrimmer

シーケンスされる長さより短いライブラリサイズのシーケンスを行うと、3'側にアダプタやバーコードが出現する。このような汚染配列があると、後の解析に悪影響を与える可能性があるため、クオリティチェックの時に除くのが望ましい。AlienTrimmerはユーザが…

アダンプタートリミングツール TagDust2

TgaDust2は、アダプター、バーコード、単純リピートなどの不要な情報を見つけて除去するツール。2009年にTagDustが発表され、その後2015年にTagDust2が発表された。 公式サイト TagDust インストール brewで導入できる。 brew install TagDust brewではTagDu…

ショートリードのアダプタートリミングツール Trim Galore

2019 5/8 インストールおよびヘルプ追記 2020 12/9 help更新 これまで様々なアダプタートリミングツールが報告されてきている。OMIC toolsで検索すると、2017年6月で35件ヒットする(OMIC toolリンク)。その中でもFastQC、cutadapt、Fastx-toolkitなどはよ…