macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Trends in Genetics

タンパク質の要約統計を出力するEMBOSSのpepstatsコマンド

EMBOSSのpepstatsは、1つ以上のタンパク質配列からタンパク質の特性に関する様々な統計情報を出力する。 emboss pepstats https://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/pepstats.html インストール conda|mambaやbrewで導入できる。 #biocondamamba…

All Versus Allの配列比較(sequence comparison)を行うEMBOSSの needleall

2020 10/29 vsearchのコマンド追記 needleall は入力された一連の配列を読み込み、それらをすべて 1 つ以上の配列と比較し、最適なグローバル配列のアラインメントをファイルに書き込む。Needleman-Wunschアライメントアルゴリズムを使用して、全長に沿った2…

リファレンス配列に点変異やSVを導入するEMBOSSのmsbar

2019 7/16 タイトル修正 EMBOSSパッケージのmsbarを使うと、リファレンスに変異を導入することができる。変異のシミュレーション実験などに使える機能である。 公式サイト http://emboss.sourceforge.net EMBOSS: msbar インストール embossはcondaやbrewで…