macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Microbial Genomics

パンゲノムにおいて有意な関連性の遺伝子を検出する Coinfinder

原核生物および真核生物のパンゲノムのアクセサリー遺伝子は、遺伝子水平伝播、loss of gene、および選択の影響により蓄積する。 Coinfinderは、パンゲノム内の相同な遺伝子(遺伝子ファミリー)のセットが偶然に予想されるよりも頻繁に相互に関連または解離…

バクテリアゲノムの進化をシミュレートする SimBac

バクテリア全ゲノムシーケンシングは急速に普及しており、高解像度の遺伝情報を迅速かつ費用対効果の高い方法で提供することにより、multilocus sequence typing(MLST)に取って代わっている(Didelot et al、2012; Wilson、2012)。遺伝学的データを使用し…

E.coliとKlebsiellaに対応したWGSからのプラスミド検出ツール PlaScope

最近、いくつかの研究がin silicoプラスミド予測ツールの有効性を評価している[ref.1、2]。実際、現在、多くのバイオインフォマティクス法が、リードカバレッジ解析(例:PlasmidSPAdes)、k-merベースの分類(例:cBAR、PlasFlow)、レプリコン検出(例:Pl…

rRNAを使ってバクテリアのゲノム構造を調べる Socru

2020 2/1 ツイートリンク追加 2020 7/2 論文追記 バクテリアゲノムは構造的リアレンジメントを受けることができるダイナミックな実体(entities)である。これらのリアレンジメントは、リボソームrRNAオペロンおよびファージを含むリピート配列周辺で相同組…

multi-FASTA alignmentからSNPを抽出する SNP-sites

次世代シーケンシング(NGS)技術は、 Single Nucleotide polymorphism(SNP)発見のためにゲノムを大規模にリシーケンシングすることを容易にした。そのようなプロジェクト中に発見された何千ものSNPは、生物学的解釈および計算解析のためにいくらかの困難…

変異の自動解析パイプライン NASP

バクテリア、ウイルス、真菌および寄生生物を含む微生物からの全ゲノムシーケンシング(WGS)データはpublicデータベースで急速に増加しており、アウトブレイク調査(Rasko et a、2011; Eppinger et al、2011; Engelthaler et al、2016)、系統学と血清学を…