macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Methods (Journal)

高速かつメモリ使用量の少ないメタゲノムアセンブリツール MEGAHIT

2019 5/6 インストール方法修正 2019 5/7 パラメータ追記 2019 5/15 タイトル修正 2019 5/19 リンク追加 2019 5/17 タイトル再修正、パラメータ修正 2019 6/3 コメント追加 2019 7/27 condaインストール追記 次世代シーケンシング技術は、メタゲノミクスを研…

small RNAをアノテートする ShortStack

ShortStackはsmall RNA seqのデータをリファレンスゲノムにアライメントし、small RNAのlociをアノテートするツール。改良が続けられており、2報目の論文では、高速化の他、複数のシーケンスデータの入力、bowtieによるアライメントなどに対応した。 テスト…