macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Methods (Journal)

高速かつメモリ使用量の少ないメタゲノムアセンブリツール MEGAHIT

2019 5/6 インストール方法修正、5/7 パラメータ追記、5/15 タイトル修正、5/19 リンク追加、5/17 タイトル再修正、パラメータ修正、6/3 コメント追加、7/27 condaインストール追記 2021 5/7 helpと インストール手順更新、7/21 リンク追加 2022 2/19 メモ追…

small RNAをアノテートする ShortStack

ShortStackはsmall RNA seqのデータをリファレンスゲノムにアライメントし、small RNAのlociをアノテートするツール。改良が続けられており、2報目の論文では、高速化の他、複数のシーケンスデータの入力、bowtieによるアライメントなどに対応した。 テスト…