macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Journal of Computational Biology

MetaProb 2

現在の技術では、事前に培養することなく、環境から直接微生物群集の配列を決定することができる。微生物サンプルを解析する際の大きな問題の一つは、そのサンプルに含まれる種を特定するために、リードを分類学的にアノテーションすることである。分類学的…

Iontorrentのエラーコレクションを行う IonHammer

IonTorrentのリードエラー修正アルゴリズムを用いて、幅広いデータセットのシーケンシングエラーを大幅に削減することができる。IonHammerはC++で実装されており、SPAdesゲノムアセンブラパッケージの一部として自由に利用できる。 インストール mac os 10.1…

ターゲットアンプリコンシーケンシングのプライマーを除く cutPrimers

リードからのプライマーの切断は、ターゲットアンプリコンのNGSデータを処理する上で重要なステップである。既存のツールは、リードから1つまたはいくつかのプライマー/アダプター配列を切断し、そして出現するそれらすべてを除去するように適合されている…

proteomeをクラスタリングするデータベース FastaHerder2

タンパク質データベースのますます加速する成長により配列類似性および配列保存によるタンパク質機能研究に対して大きな可能性が提供される。しかしながら、これらのデータベースに蓄積された膨大な数のタンパク質配列はデータを分析しそしてオーガナイズす…

QuasiRecomb

次世代シークエンシング(NGS)技術は、以前はあまりにも労働集約的であると考えられていた実験を日常的な作業に変えた(Metzker、2010)。 NGSの1つの用途は、genetic diversityを定量化するために遺伝的にheterogousなpopulationsのシーケンシングである。…

ハプロタイプフェージングを行う whatshap

2019 3/18 インストールの流れ修正 2019 3/26 誤字修正 2019 11/8 タイトル修正 ヒトゲノムは二倍体であり、すなわち、その常染色体の各々は2コピーである。これらの親のコピーは、異なる一塩基多型(SNPs)の影響を受ける。変異がどちらの染色体由来かアサ…