macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

F1000Research

Search-Sifter

タンパク質ファミリーデータベースは、タンパク質の機能を解剖しようとしている生物学者にとって重要なツールである。タンパク質ファミリーデータベースを運用する際には、何千もの既存のエントリと新しいファミリーの可能性を比較することが重要な作業とな…

KEGGの遺伝子アノテーション結果を要約する GAEV

2020 10/20 追記 非モデルアセンブリのコンピュータ アノテーション付き遺伝子の生物学的機能と、これらの遺伝子の産物によって形成される分子パスウェイの説明は、種のさまざまな固有の生物学的属性(生理学、生活史、行動など)の遺伝的基盤を特定するため…

WikiPathwaysのCytoscapeプラグイン WikiPathways App for Cytoscape

このホワイトペーパーでは、Cytoscape用のオープンソースWikiPathwaysアプリ(http://apps.cytoscape.org/apps/wikipathways)を紹介する。WikiPathwaysアプリは、データの視覚化とネットワーク分析のためにバイオロジカルパスウェイをインポートするために…

long readのRNA seq向けマッピング評価ツール AlignQC

Pacific Bioscience(PacBio)が20111年に1分子リアルタイム(SMRT)シーケンス技術を商品化し、第3世代シーケンシング(TGS)が登場した。TGSプラットフォームには大きな技術的違いがある。これは、第2世代シーケンス(SGS)とは異なる。ペアエンド情報を考…

Minhashを使い、genomic DNA / proteinを高速比較する sourmash

2019 7/5 インストールエラー修正 2019 10/2 twitter追記 2020 1/5 twitter追記 2020 2/4 twitter追記 2020 2/20 コマンド修正 2020 2/27 help更新, コマンド修正 2020 5/5 twitter追記 sourmashは、ゲノムデータのMinHash sketchesを作成、比較、操作するた…

メタゲノムcontigのカバレッジ、GC、taxonomy情報を可視化して分析できる BlobTools

2019 1/16 テストラン追加、diamondデータベースbuidコマンドエラー修正 2019 1/19 diamondデータベースbuidコマンド修正 2019 1/21 追記 2019 6/22 インストール追記 2020 7/29 シミュレーション追記 2020 9/29 追記 アセンブリしたcontig中に、アセンブリ…