macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

CRAN

染色体イデオグラムや染色体間のシンテニープロットを描画する RIdeogram

近年、シーケンシング技術の発展、特にPacific Biosciences(Eidら、2009)およびOxford Nanopore Technologies(Laverら、2015)を含む第三世代シーケンシングの急速な進歩、BioNanoゲノムマッピング(Caoら、2014)およびハイスループットクロマチンコンフ…

GO enrichmet解析結果を視覚化する GOplot

オミクスデータの機能分析に利用できる方法が多すぎるにもかかわらず、結果の包括的なまだ詳細な理解を得ることは困難なままになっている。これは主に、この種の情報を視覚化するための公開ツールが不足しているためである。ここでは、グラフィック表示を強…

ジッタープロットを作成する SinaPlot

データ駆動型サイエンスの最近の発展により、研究者は複数のソースからのデータを、多様な実験手順やデータベース上で統合するようになった。特にデータポイントの数がクラス間で異なる場合、データを正確に可視化する上で大きな課題となっている。サンプル…

(ヒトゲノム)インタラクティブな遺伝子の変異プロットを出力する G3viz

ロリポップダイアグラム は、ガンゲノミクスにおける遺伝子変異のトランスレーショナル効果を可視化し、探索するために広く用いられているグラフィカルな表現の一つである。しかし、使いやすい機能を備えたロリポップダイアグラムツールはまだ不足している。…

VCFファイルを分析するCRANパッケージ vcfR

2020 4/15 コマンド修正, 手持ちのファイルを使う例を追記 一塩基多型や関連する遺伝的変異を呼び出すソフトウェアは、選択された出力フォーマットとしてバリアントコールフォーマット(VCF)に収束してきている。これにより、VCFファイルを扱うツールの必要…

scientific dataのインタラクティブな視覚化ツール BPG interactive visualization of scientific data

生物学的実験はますます大きく、多面的なデータセットを生み出している。そのようなデータを探索して観察結果を伝達することはますます困難になっており、堅牢な科学的データ視覚化の必要性は加速している[ref.1、2、3、4]。特にWebベースのインタフェースや…

(モデル生物 )MNase-seqやchip-seeのアラインメントを2D plotで視覚化する plot2DO

ヌクレオソーム、これは147 bpのDNAがA約1.7ターンでヒストンオクタマーに包まれる真核生物のDNAパッケージングの基本単位である(Luger、et al、1997)。標的部位へのDNA結合因子のアクセスは、これらの部位がヌクレオソームフリー領域(NFR)にある場合、…

インタラクティブなヒートマップを描く heatmaply

2020 2/29 誤字修正 クラスターヒートマップは、高次元のデータを視覚化するための一般的なグラフィカルな方法である。その中で、数値のテーブルは、色付きセルのタイル状のマトリックスとしてスケーリングおよびエンコードされる。マトリックスの行と列は、…

オルソログのPhylogenetic profiles分布を視覚化する PhyloProfile

Phylogenetic profilesは、種間の遺伝子の有無パターンを捕捉する(Pellegrini et al、1999)。特定の種にオルソログが存在することは、対応する機能も表されていることの証拠となることがよくある(Lee et al、2007)。さらに、2つの遺伝子がそのPhylogenet…