macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Bioconductor

ガン遺伝子パネルなどの変異をまとめた図を生成する GenVisRのwaterfall

超並列シーケンシング技術の継続的な開発により、生成されるゲノムデータの量が指数関数的に増加した(Kodama et al、2012)。この成長により、科学者はますます大規模なコホートレベルのゲノムデータセットを調査できるようになった。直感的な視覚化の生成…

Minhashを使い、genomic DNA / proteinを高速比較する sourmash

2019 7/5 インストールエラー修正 2019 10/2 twitter追記 2020 1/5 twitter追記 2020 2/4 twitter追記 2020 2/20 コマンド修正 2020 2/27 help更新, コマンド修正 2020 5/5 twitter追記 sourmashは、ゲノムデータのMinHash sketchesを作成、比較、操作するた…

RNA seqのシミュレータ polyester

RNA-seq実験は遺伝子発現を研究する手段としてますます普及が進んでいる。RNA-seqデータ(Oshlack et al、2010)の発現解析のための様々な統計的手法がある。 RNA-seqの統計的方法論の開発者は、ツールが正しく機能しているかどうかをテストする必要がある。…

シロイヌナズナのRNA seq解析

2018 10/9 誤字修正 2018 10/22 CyVerseチュートリアル追記 2018 12/09 mapping追記 2018 12/12 前処理リンク追加 2019 10/21 リンク追加 植物のRNA seqを初めてされる方向けに作成した資料です。 真似すれば流れを再現できるように記載しています。興味があ…

edgeR

2019 4/30 インストール方法修正 発現が負の二項分布に従うと仮定した検定法。正規化はTMMで行う。FPKM/RPKM補正のcufflinksより正しくDEGの検出ができる検定法とされる。詳細は門多先生のスライドやdry本の序章の正規化の話を読んでください。以下のマニュ…