macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Bioconductor

Minhashを使い、genomic DNA / proteinを高速比較する sourmash

sourmashは、ゲノムデータのMinHash sketchesを作成、比較、操作するためのツールボックスである。MinHash sketchは、大規模なDNAまたはRNAシーケンスコレクションの"signatures"を保存し、Jaccard indexを使用してそれらを比較または検索するための軽量な方…

RNA seqのシミュレータ polyester

RNA-seq実験は遺伝子発現を研究する手段としてますます普及が進んでいる。RNA-seqデータ(Oshlack et al、2010)の発現解析のための様々な統計的手法がある。 RNA-seqの統計的方法論の開発者は、ツールが正しく機能しているかどうかをテストする必要がある。…

シロイヌナズナのRNA seq解析

2018 10/9 誤字修正 2018 10/22 CyVerseチュートリアル追記 植物のRNA seqを初めてされる方向けに作成した資料です。 真似すれば流れを再現できるように記載しています。興味があれば同じように実行してみてください。 論文 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pm…

edgeR

発現が負の二項分布に従うと仮定した検定法。正規化はTMMで行う。FPKM/RPKM補正のcufflinksより正しくDEGの検出ができる検定法とされる。詳細は門多先生のスライドやdry本の序章の正規化の話を読んでください。以下のマニュアルも大変参考になります。後半で…