macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2009

バクテリアゲノムの比較ゲノム解析を行うwebサービス EDGAR

Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteriaより 次世代シークエンシングアプローチの展開により、完全にシークエンシングされたゲノムの数は急速に増加している。その結果、単一ゲノムだけでなく、関連する大規模なゲノム群を比較的に解析する…

HaMStR-OneSeq

ESTシーケンスは、タンパク質コード配列を迅速に収集するための多目的なアプローチである。それらは、ゲノムデータからの遺伝子予測の依然としてエラーを起こしやすい手順をバイパスして、生物の遺伝子レパートリーへの直接アクセスを提供する。したがって、…

DAVIDデータベース

2019 10/20 誤字修正 2019 10/26タイトル修正 従来の生物学的研究アプローチでは、通常、一度に1つの遺伝子またはいくつかの遺伝子を研究する。対照的に、ハイスループットゲノム、プロテオミクス、およびバイオインフォマティクススキャニングアプローチ(…

Gene Ontologyデータベース AmiGO2

AmiGOのペーパーより Gene Ontologyプロジェクト[GO(http://www.geneontology.org); Gene Ontology Consortium、2000]は、構造化された統制語彙、またはオントロジーを開発し、遺伝子およびその産物(遺伝子産物)の基本的な特性を種に依存しない方法で記…

samtoolsのインストール

2019 2/26 インストール追記 2019 12/8 追記 2020 3/25 conda追記 あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願い致します。 samtoolsがどんどんアップデートしているので、久しぶりに更新します。ここではパッケージマネージャに頼らず、ソースから…

マルチプルアライメンントのトリミングツール trimAI

2020 5/14 help追記 マルチプルアライメントを行うとアライメントがほとんどできない領域ができることがあるが、そういった領域は情報として利用するのが難しいため、一般的に除去しても問題にならない。trimAIはラージスケールにも対応したマルチプルアライ…

Reference-assisted assembly3 ABACAS

ABACASはサンガー研の開発したReference-assisted assemblyなアセンブル法である。2009年に論文が発表された。サンガー研のACTやMummerの機能と連携しており、ランと結果の分析にはこの2つがインストールされている必要がある。その他の特徴として、primer3…