macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

fungi

MinHashを使いfasta / fastqから生物種を高速推定する BBSketch

2019 6/13 追記 2019 7/18 インストール追記 2020 7/7 コマンド追記、help 更新 2020 7/9 文章追記 以前このブログで紹介したBBtoolsに、Minhashアルゴリズム(リンク)を使ってわずか数秒でゲノムなどの大きな配列を比較し、トップヒットを返してくれる機能…

アセンブル結果をCore gene setの検出数で評価する BUSCO

2018 1/9 version3のコマンドを最後に追記 2019 2/24 論文追記 2019 7/5 verrsion3向けに説明をアップデート 2019 11/24 論文追記 2019 12/26 v4インストール追記 2020 3/26 v4 追記 2020 6/15 構成を変更 2020 7/7 v4 のtrancrripts の説明が間違っていたの…