macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

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NCBIからバクテリアゲノムをダウンロードする

コンプリートなゲノムのダウンロード。 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/bacteria/assembly_summary.txt awk -F '\t' '{if($12=="Complete Genome") print $20}' assembly_summary.txt > assembly_summary_complete_genomes.txtmkdir bacte…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較7 -大量のミトコンドリアゲノムの同時比較

インストールは以下で説明しています。 公式ページのチュートリアル7を実践していく。 人のミトコンドリアゲノムを、他の生物のミトコンドリアゲノムと比較する。 ミトコンドリアゲノムNC_012920をダウンロードする。 fetch_genome_by_accession.sh -a NC_01…