macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

lineage

オルソログのPhylogenetic profiles分布を視覚化する PhyloProfile

Phylogenetic profilesは、種間の遺伝子の有無パターンを捕捉する(Pellegrini et al、1999)。特定の種にオルソログが存在することは、対応する機能も表されていることの証拠となることがよくある(Lee et al、2007)。さらに、2つの遺伝子がそのPhylogenet…

taxonomy ID、種名、系統情報など相互変換する taxonkit

2019 1/24 lineageコマンドのミス修正 2019 7/5 ツイート追記 2019 7/9 タイトル修正、ツイート追記 2020 4/29 ツイート追記 2020 9/7 説明修正、タイトル変更 2020 9/8 インストール追記 NCBI taxonomy databaseは、公共のシーケンスデータベースに含まれる…