macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

genome assembly reconciliation

Procaryotesの自動アセンブリパイプライン Mypro

Pos 最近の全ゲノムシーケンシング(WGS)技術のコストの低下は、様々な原核生物のシーケンシングの増加をもたらした。典型的なゲノミクスプロジェクトでは、データマイニングの前にシーケンシングリードを処理する必要がある(Hasman et al、2014; Rhoads e…

review article要約 genome assembly reconciliation toolsの比較

真核生物ゲノムの大部分は、それらを組み立てるというアルゴリズム上の課題のために未完成である。 様々なアセンブリやスキャフォールディングツールが利用できるが、特定のゲノムサイズや複雑さにどのツールやパラメータを使用するかは必ずしも明らかではな…

複数のアセンブラのコンティグをマージする GAM-NGS

次世代シーケンシング(NGS)技術の出現により、生物圏のすべての生物を事実上 シーケンシングでききるようになった[論文より ref.1]。 NGS技術は、非常に高いデータ生産量を特徴としており、あらゆる生物で高いカバレッジのデータを手に入れることができる…

複数のアセンブラのコンティグをマージする Metassembler

Metassemblerは複数のアセンブルツールのcontigをマージし、他のツールの短所を補い合うことで(例えばOLCのアセンブルツールとde brujin graphのアセンブルツール)、より長いcontigを作るツール。アセンブルコンペティションのAssemblathonの1と2のデー…

アセンブル結果の分析および統合を行う CAMSA

ドライの計算技術およびウエット実験技術を利用して、ドラフトゲノムからゲノムを再構築する様々な方法が存在するが、それらはアセンブリの一部のみを生成する。したがって、異なる方法によって作製されたアセンブリ結果を比較して統合することが重要となる…

複数のcontigをマージしアセンブリの連続性を改善する Mix

Mixはバクテリア向けに設計された、複数のconitgをマージしてより長いcontigを作る方法論。うまく使えば、細分化されたcontigをからより長いcontigを作ることができる。 インストール 依存 python 2.7 (http://www.python.org/) python-networkx 1.6-2 (http…