macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

drug resistance

E.coliとKlebsiellaに対応したWGSからのプラスミド検出ツール PlaScope

最近、いくつかの研究がin silicoプラスミド予測ツールの有効性を評価している[ref.1、2]。実際、現在、多くのバイオインフォマティクス法が、リードカバレッジ解析(例:PlasmidSPAdes)、k-merベースの分類(例:cBAR、PlasFlow)、レプリコン検出(例:Pl…

(ウィルス) コドンを考慮し、フレームシフトエラーに強いアライメントツール VIRULIGN

多くのウイルス性病原体、特にRNAウイルスは、宿主内および宿主間で急速に進化しており、変化する状態への適応のマーカーがそれらのゲノムにおいて検出され得る(Lemeyら、2006)。ウイルス遺伝子型からの構造、機能および表現型予測は、ウイルス感染の薬物…