macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

PNAS

De novoでTEを探索する RepeatModeler2

2020 7/5 ProcessRepeatsのhelp追加 2020 7/6 step3修正 2020 7/7 ProcessRepeatsのコマンドの間違いを修正 Tree of life全体のゲノム配列決定のペースが加速しているため、 transposable elements(TE)のようなゲノム構成要素の教師なしアノテーションを改…

Reference-assisted assembly 2 RACA

RACA Reference-assisted assembly を行うツール。解析にはリファレンスとアウトグループが必要である。 論文では、RACAを使いGAGEのゴールデンデータセットをアセンブルしたデータや、Tibetan antelope(ウシ科のチルー)のアセンブルデータが使われている…