macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ONTダイレクトRNAシークエンシング(DRS)

nanopore direct RNA seq(DRS)の転写産物量を正確に定量する NanoCount

2022/02/15 追記、コマンド修正 遺伝子やアイソフォームの発現変化を正確に定量することは、細胞の機能、分化、疾病の理解に不可欠である。ロングリードDirect RNA Sequencing (DRS) を用いた完全長ネイティブRNAのシーケンスは、RNAの断片化、cDNA合成、PCR…

シングルセルとバルクのトランスクリプトームのリファレンスフリーおよびリファレンスガイドアセンブリを行うrnabloom

シングルセルRNAシーケンス(scRNA-seq)技術はここ10年で急速に進歩したが、シングルセル・トランスクリプトーム解析のワークフローでは、主に遺伝子発現データが用いられており、シングルセルレベルでのアイソフォーム配列解析はまだかなり限定的である。…

リファレンスなしでnanopore Direct RNA seqのリードの向きを予測する ReorientExpress

ロングリードシークエンシング技術は、あらゆる種からのトランスクリプトームの体系的な調査を可能にする。ただし、機能評価には5 'から3'への方向を正しく決定する必要がある。 complementary DNA(cDNA)ライブラリーのシーケンシングは、一般に多数のリー…