macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Long Terminal Repeat retrotransposons (LTR-RTs)

De novoでTEを探索する RepeatModeler2

2020 7/5 ProcessRepeatsのhelp追加 2020 7/6 step3修正 2020 7/7 ProcessRepeatsのコマンドの間違いを修正 Tree of life全体のゲノム配列決定のペースが加速しているため、 transposable elements(TE)のようなゲノム構成要素の教師なしアノテーションを改…

タンデムリピートなどのミスアセンブリを分析する TandemQUAST

タンデムリピートは、不均等なクロスオーバーによってしばしば生成される複数の連続するほぼ同一のシーケンスによって形成される(Smith、1976)。初期のDNAシーケンスプロジェクトで、タンデムリピートが真核生物のゲノムに豊富にあることが明らかになった…

Long terminal repeats retrotransposonsをゲノム配列からde novoで発見する LtrDetector

以前は「ジャンクDNA」と考えられていたゲノムの遺伝子間領域の配列は、生物学者の間でますます注目を集めている。これらの領域の特に顕著な特徴は、一種のリピート配列である転移因子(TE)の普及率である。 TEには、RNAを使用して複製して自分自身を「コピ…