macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

HIV

HIVのアミノ酸配列にアライメントを行う NucAmino

ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV-1)療法の分子標的は逆転写酵素(RT)、プロテアーゼおよびインテグラーゼを含む。これら遺伝子は臨床ラボで最も一般的にシーケンシングされた遺伝子の1つである。多くの国で、これらの遺伝子は、HIV-1薬物療法を開始する前の…

(ウィルス) コドンを考慮し、フレームシフトエラーに強いアライメントツール VIRULIGN

多くのウイルス性病原体、特にRNAウイルスは、宿主内および宿主間で急速に進化しており、変化する状態への適応のマーカーがそれらのゲノムにおいて検出され得る(Lemeyら、2006)。ウイルス遺伝子型からの構造、機能および表現型予測は、ウイルス感染の薬物…

HIVディープシーケンシングのマッピングとバリアントコールパイプライン hivmmer

現在、いくつかの次世代シーケンシングマシンが病原体およびウイルスの研究に使用されている(Chabria et al、2014; Quin ones-Mateu et al、2014)。過去20年間に開発された多くの次世代シーケンシングプラットフォームおよびアプローチのうち、イルミナの…