macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Alternative splicing

スプライシングジャンクションを上手く処理できるエラーの多いロングリードRNA seqのアライナーdeSALT

RNAシークエンシングはトランスクリプトームを特徴付けるための基本的なアプローチとなっている。正確な遺伝子構造を明らかにし、遺伝子/転写産物の発現を定量できる[ref.1-5]、さらにバリアントコーリング[ref.6]、RNA edit/ng解析[ref.7 - 8]、遺伝子融合…

ロングリードのde novo transcriptomeのクラスタリングツール isONclust

Pacific Biosciences(PacBio)Iso-SeqおよびOxford Nanopore Technologies(ONT)を用いた転写産物のロングリードシークエンシングは、植物[ref.6]、真菌[ref.7]、ウイルス[ref.8]、ヒトなどの複雑なアイソフォームランドスケープの研究の中心となることが…

選択的スプライシングを検出する SplAdder

Alternative splicing (AS)(以下、選択的スプライシング)は、成熟mRNAを高度に調節された様式で切断および再結合させ、それによって転写産物の複雑性を増加させるmRNAプロセシング機構である。生物に応じて、発現遺伝子の95%までが複数の転写産物に転写さ…