macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ATAC-seq

(モデル生物 )MNase-seqやchip-seeのアラインメントを2D plotで視覚化する plot2DO

ヌクレオソーム、これは147 bpのDNAがA約1.7ターンでヒストンオクタマーに包まれる真核生物のDNAパッケージングの基本単位である(Luger、et al、1997)。標的部位へのDNA結合因子のアクセスは、これらの部位がヌクレオソームフリー領域(NFR)にある場合、…

カバレッジトラックを視覚化する SparK

2020 3/1 コマンド修正 Integrative Genomics Viewer(IGV)やUCSCゲノムブラウザなど、NGSデータの表示に利用できる洗練されたリソースが存在するが、領域のエクスポートとpublication用の図の組み立ては依然として困難である。特に、トラックの外観のカス…

bamファイルを使ってDNA/RNAシーケンスのピーク定量やTPM計算、bigwigのcoverage trackを作成する BAMscale

2020 1/14 conda追記 2020 9/23 タイトル修正 BAMscaleは、chromatin binding(ChIP-seq)およびクロマチン状態変化(ATAC-seq、END-seq)やchromatin state changes(ATAC-seq, END-seq)、RNA seqのシーケンシングデータセットを処理するワンステップツー…