ATAC-seq
2017
Preprint
bam/sam
結果の視覚化 (visualization)
CRAN
MNase-seq
mouse
yeast
heatmap
2D plot
ATAC-seq
chip-seq
ヌクレオソーム、これは147 bpのDNAがA約1.7ターンでヒストンオクタマーに包まれる真核生物のDNAパッケージングの基本単位である（Luger、et al、1997）。標的部位へのDNA結合因子のアクセスは、これらの部位がヌクレオソームフリー領域（NFR）にある場合、…
2020 3/1 コマンド修正 Integrative Genomics Viewer（IGV）やUCSCゲノムブラウザなど、NGSデータの表示に利用できる洗練されたリソースが存在するが、領域のエクスポートとpublication用の図の組み立ては依然として困難である。特に、トラックの外観のカス…
2020 1/14 conda追記 BAMscaleは、chromatin binding（ChIP-seq）およびクロマチン状態変化（ATAC-seq、END-seq）やchromatin state changes（ATAC-seq, END-seq）、RNA seqのシーケンシングデータセットを処理するワンステップツールである 。 出力には、テ…
