macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ATAC-seq

bamファイルを使ってDNA/RNAシーケンスのピーク定量やbigwigのcoverage trackを作成する BAMscale

BAMscaleは、chromatin binding(ChIP-seq)およびクロマチン状態変化(ATAC-seq、END-seq)やchromatin state changes(ATAC-seq, END-seq)、RNA seqのシーケンシングデータセットを処理するワンステップツールである 。 出力には、テキスト形式の正規化さ…