macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017

共通 / 非共通の遺伝子リストなどをベン図やヒートマップで視覚化する intervene

次世代のシークエンシングベースのハイスループットアッセイによって生成されたトランスクリプトームデータ、ゲノムデータ、およびエピゲノムデータの効果的な可視化は、大きな関心の対象となっている。そのようなアッセイによって生成されたデータセットの…

In vitro合成用にゲノムを分割する Genome Partitioner

40年以上前に制限エンドヌクレアーゼが発見されて初めて使用されて以来、DNAを単一および複数のコンストラクトに組み立てる能力が分子生物学を推進してきた[論文より ref.1]。過去10年間で、合成生物学の分野を形作り、ゲノム規模の生物学的オペレーティング…

Bracken

メタゲノミクスは、急速にそして安価に膨大な量のDNA配列を生成する能力に部分的に起因して、急速に成長している研究分野である。ヒトゲノムが2001年に最初に発表されて以来(The International Human Genome Sequencing Consortium、2001; Venter et al、20…

遺伝子水平伝播をシミュレートする HgtSIM

2019 2/9 タイトル誤字修正 Horizontal gene transfer (HGT) は、微生物の進化と適応における重要な力として認識されている(Soucy、Huang&Gogarten、2015)。単離された微生物のドラフトまたはフィニッシュしたゲノム中のHGTを同定する多数のパイプライン…

バクテリアとアーキアのデータベース EzBioCloud

2019 7/5 関連ツール追記について追記 現代のバクテリアと古細菌の分類学の目標の1つは種の客観的定義である。分類を決定するプロセスは、新しいテクノロジーの出現により、時とともに継続的に改善されてきた。 PCRとそれに続く16S rRNA遺伝子のシークエンシ…

Pacbioのロングリードのエラーコレクションツール pbdagcon

イルミナなどの第2世代シーケンシング(2GS)プラットフォームは、ゲノムシークエンシングコストを劇的に削減しながら、スループットを飛躍的に向上させた(Shendure and Ji 2008)。 2GSプラットフォームの比較的低コストで大規模なスループットは、数千も…

HIVのアミノ酸配列にアライメントを行う NucAmino

ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV-1)療法の分子標的は逆転写酵素(RT)、プロテアーゼおよびインテグラーゼを含む。これら遺伝子は臨床ラボで最も一般的にシーケンシングされた遺伝子の1つである。多くの国で、これらの遺伝子は、HIV-1薬物療法を開始する前の…

SVイベントを統合し、より複雑なSVを予測する CLOVE

Structural variants(SV)は、少なくとも2箇所での二本鎖DNA切断とそれに続くDNA修復によって引き起こされるゲノムの再構成である。典型的には、SVという用語は、サイズが1kbを超える事象に対して使用される[論文より ref.1 この論文での定義]。 SVには、大…

HINGEアセンブラ

ゲノムアセンブリは数十年にわたり計算生物学の中心的課題であったが、最近のロングリードシーケンス技術の出現で、完全なアセンブリを自動入手するという目標を達成している。しかし、リピートを確実に解決するために、エラーが頻繁に発生するリードに存在…

複数ゲノムを比較し、結果をインタラクティブに視覚化する AliTV

2018 11/12 リンクエラー修正 2019 3/9 分かりにくい部分を修正 過去10年にわたるショートリードシーケンシング、ロングリードシーケンシングおよびアセンブリの進歩(Salzberg et al、2011; Chin et al、2013; Hackl et al、2014)は、全ゲノムシーケンシン…

メタゲノムシーケンシングデータからMLST タイピングを行う MetaMLST

高分解能の微生物菌株同定およびトレースは、臨床および研究環境の両方において重要な課題である。微生物の菌株レベルのタイピングのための最も一般的な方法の1つは、すべての株に存在することが知られている少数の種特異的ゲノム遺伝子座(通常は7つ)をシ…

たくさんのスモールゲノムを比較したり、複数メタゲノムアセンブリのde-replicationを行う dRep

2019 5/7 インストール追記 20196/16 パラメータ追記 20196/16 upしたdocker イメージのエラー修正 2019 6/18 link追加 メタゲノム研究により、シーケンシングされ、ドラフト品質ゲノムが解読される微生物ゲノムの数は毎年急速に拡大している。大きなゲノム…

メタゲノムデータのtaxonomy assignmentを行う k-SLAM

微生物群集から直接抽出されたDNAの研究は、全ゲノムショットガンシーケンシングによって革命を起こした。バクテリア、ウイルス、真菌の種から数十億の短いDNA配列をサンプリングする能力は、多様な生態系の分類学的構成ならびにその中で起こっている過程を…

ホストゲノムや汚染配列を検出し、分離を助ける PhylOligo

シーケンシング技術の発展により、複雑な非モデル生物ゲノムおよび生物共同体のゲノムをシーケンシングの標的とすることが可能になった。これらの非モデル生物のいくつかは、それらの環境から単離することが困難だったりin vitroでクローン化ができなかった…

WGSデータからミトコンドリアゲノムをアセンブルする NORGAL

ミトコンドリアなどの特定の細胞小器官には、独自の異なるゲノムが存在している。ミトコンドリアゲノム - the mitogenome - は、真核生物の核ゲノムとは著しく異なる。典型的に環状であり、サイズがより小さい[ref.1]。The mitogenomeは、ミトコンドリアを単…

webで動作する高速で軽量な分子系統樹可視化ツール IcyTree

系統樹の可視化は、計算系統学(computational phylogenetics)の極めて重要な側面である。確かに、よく知られているテキスト「Inferring Phylogenies」(Felsenstein、2003)(amazon) は、このトピックに全章を割いている。従って、系統樹可視化ソフトウェ…

複数のBinnngツール結果を比較してbinning精度を上げる Binning_refiner

ハイスループットショットガンシーケンシングは、未知の微生物群集を研究する強力な方法を提供する(Eloe-Fadrosh et al、2016)。メタゲノミクスショットガンシーケンシングからゲノムビニングと呼ばれるプロセスによって完全または部分的な微生物ゲノムを…

Viral populations分析パイプライン Vipie

臨床試料中の全ウイルス量を研究し、急性および慢性感染時のウイルスquasispeciesの進化を評価する要求が高まっているため、Viromeメタゲノミクス研究分野は急速に増加している。Virome sequencing 技術の応用は、感染症研究だけでなく、主として非感染性条…

in silico mate-pairシーケンシングによってde novo アセンブリ改善を試みる cross-species-scaffolding

10/5 3stepコマンドの誤り修正 及びコマンド変更、コメント追加 正確で完全でアノテーションのついたゲノムは、種や個体の過去、現在、未来に関する豊富な情報を提供するため、医療や生物学の研究にとって非常に貴重なリソースとなっている[論文より ref.1]…

cGOF-assisted アセンブリパイプライン GAAP

次世代シークエンシング(NGS)技術は、近年では数万の原核生物ゲノム配列を生成し、原核生物のゲノム研究を大いに促進している。cost-effectiveで、カバレッジが高いので高品質の信頼できるデータが生成できる。しかしながら、原核生物の完全なゲノム配列の…

バイオインフォマティクスのツールを再現性よく実行するためのコンテナ仮想化ツール群 BioContainers

2018 10/2 誤字修正 2018 11/4 追記 2019 6/2 リンク追加 バイオインフォマティクスは、新しいアルゴリズムの開発、複雑なパイプラインへの様々なツールの接続(Perez-Riverol et al、2014)、それらの蓄積と普及により、システム生物学の機能と振る舞いの理…

高速かつ高感度なプロテイン検索ツール MMseqs2

2019 3/18 タイトル修正 2019 5/7 タイトル修正 2019 5/20 インストール追記 2019 8/25 twtwitter追記 DNAシーケンシングのスループットは、過去10年間で計算速度よりもはるかに速くなってきており、感度の高いシーケンス検索は、ラージメタゲノムデータセッ…

MetaMeta

現在、環境サンプルをcharacterizeすることを目指して、ますます多くのメタゲノム分析ツールが利用可能になっている[論文より ref.1,2,3,4]。Whole metagenome shotgun (WMS)シーケンシングテクニックから生成される大量のデータにより動機づけられたメタ…

インタラクティブなヒートマップを簡単に作成できるwebツール shinyheatmap

ヒートマップソフトウェアは、一般に、静的ヒートマップソフトウェア (static heatmap software) [論文より ref.1-9]とインタラクティブヒートマップソフトウェア (interactive heatmap software) [ref.10-20]の2つのカテゴリに分類することができる。静的ヒ…

ゲノムなどの長い配列同士を比較し、違いをレポートする NucDiff

2018 10/13 コマンドエラー修正 2019 11/13 インストール手順訂正 全ゲノムシーケンシング戦略およびアセンブリアプローチの進歩により、一連の配列を互いに比較する方法が必要となっている。共通のクエスチョンは、同じリードセットの異なるアセンブリプロ…

Pan-genome解析をwebで実行できる PanWeb

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームは、DNAシーケンシングの大きな進歩をもたらした。これは主に、イールドの向上と精度の向上、およびコストの大幅な削減によるものである[論文より ref.1,2]。 NGS技術のために、オンラインゲノムデータベース(h…

review article要約 genome assembly reconciliation toolsの比較

真核生物ゲノムの大部分は、それらを組み立てるというアルゴリズム上の課題のために未完成である。 様々なアセンブリやスキャフォールディングツールが利用できるが、特定のゲノムサイズや複雑さにどのツールやパラメータを使用するかは必ずしも明らかではな…

バクテリアのsub-populationsのレアバリアント検出ツール VarCap

8/20 sambambaコマンドミス修正、varscan2バグに対応する迂回コマンド追加 1つの原核生物種のheterogeneityな集団の遺伝子型決定(genotyping)は、一般的な選択圧下での集団(populations)組成および動態に関する微生物学的問題に対処するためにますます重…

バリアントをランク付けする Variant Ranker

変異を特定することは、病気の病因を理解する上で重要である。ハイスループットな次世代ゲノム技術の進歩により、ゲノムシーケンシング、エクソンシークエンシング、RNA-SeqおよびChIP-Seqは、複雑なメンデル症の感受性遺伝子座を同定するための標準となって…

既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH

2019 6/17 インストール追記 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物(Natural products)は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分子でもある。さらに、分子生物学および細胞生物学の多くの側面を研究する化学プロ…