macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2004

Ab initio遺伝子予測器 SNAP

計算機による遺伝子予測は、特に実験データの少ないゲノムに対して重要な問題であり続けている。様々なゲノムに容易に適応できるように設計されたSNAP遺伝子検出器を紹介する。また、SNAP遺伝子検出器のパラメータは、系統的に最も近いゲノムのパラメータと…

MIRAアセンブラ

MIRAは、全ゲノムおよびEST/RNASeqプロジェクト用のマルチパスDNA配列データアセンブラ/マッパーである。MIRAは以下の方法で得られたリードをアセンブル/マッピングする。 electrophoresis sequencing(別名サンガーシーケンシング イルミナ(Solexa)シーケ…

tRNAやtmRNAをゲノムから素早く検出する ARAGORN

2019 2/15 Biocondaインストール追加、バッチモード追加 2019 3/10 タイトル修正 2019 5/50 インストール方法追記 ARAGORNは既存のtRNAとのホモロジーや二次構造などを手掛かりにゲノム中からtRNAやtmRNAを探すツール。 webサーバー ARAGORN, tRNA (and tmRN…

ゲノムの相同性の高い領域の網羅的な検索 MUMmer

MUMmerはゲノム全体を高速にアライメントするオープンソースのツール。Finisihしたゲノムだけでなくドラフトゲノムでも使用でき、容易に何百あるcontigのアライメントを行うことができる。最初の論文が発表されたのは1999年だが(ref.1)、現在でもオープン…

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したGUI(CUI)ツール Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…