macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2001

fastqの分析結果をJSON形式で出力する fastq-scan

タイトルの通りのツール。開発の動機はGithubのREADME参照。 インストール macos10.14のPython 3.7環境でテストした。 本体 Github #bioconda (link)conda install -c bioconda -y fastq-scan > fastq-scan -h $ fastq-scan -h Usage: cat FASTQ | fastq-sca…

膜貫通領域を予測する TMHMM

TMHMMは膜貫通領域を予測するツール。膜タンパク質であるかどうかの判定にも用いられる。 webサーバー版 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ マニュアル 解凍したディレクトリにユーザーガイド(TMHMM2.0.html)あり。 TMHMM2.0 インストール 依存 perl …