macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

文献検索

>100,000の植物論文アブストラクトを網羅するナリッジネットワーク PlantConnectome

遺伝子の機能予測は生物学の理解に不可欠である。しかし、これらの予測は、実験的に特徴付けられた遺伝子の大規模なコレクションに依存しており、そのコンパイルには労力と時間がかかるだけでなく、科学文献の量と多様性を考慮すると不可能に近い。ここでは…

文献探索を支援する citation gecko

citation geckoは、自分の研究において見逃している可能性がある文献を、引用のネットワークに可視化して発見を助けてくれるツールです。誰も引用していない論文は探せませんが、何度も引用されている自分の研究分野で影響力の強い論文を見つけることに適し…

ScrapPaper

本論文では、PubMedやGoogle Scholarの検索結果から雑誌情報を抽出するPythonスクリプト、ScrapPaperを紹介する。現在、このプログラムを開発した動機は、科学文献のタイトルやリンクなどの情報を取得し、リストとして保存してメタ分析や文献の比較研究など…

遺伝子およびタンパク質の相互作用を自動認識して検索する GePI

遺伝子とタンパク質の相互作用に関する知識は、生体分子研究にとって不可欠である。このような知識の大部分は文章で公開されており、構造化された方法でアクセスすることはできない。この状況を改善するために、自動的に抽出された相互作用の事実のリポジト…

関連論文をネットワークに視覚化する CONNECTED PAPERS

Connected papersは、研究者や応用科学者が自分の研究分野に関連する論文を見つけて探索するのに役立つ、ユニークで視覚的なツールである。 論文のグラフは、その類似性に応じて配置される。つまり、直接引用し合っていない論文でも、強くつながりがあると、…

ユーザー指定の文献リストを使って文献を仕分ける分類器 BioReader

現在、生物医学科学が直面している「ビッグデータ問題」は、分析能力を超えるゲノム配列、プロテオミクス、トランスクリプトームおよびメタゲノムプロファイルなどの大量のraw biological dataによるものである。生物医学文献でも同様の傾向が観察されている…

興味があるタンパク質情報を文献やデータベースからマイニングする PaperBLAST

ゲノムシーケンスは、タンパク質の機能が決定される速度をはるかに超えて、新規タンパク質の発見を加速している(ref,1)。ゲノムシーケンスを解釈し、これらの予測されたタンパク質の役割のアノテーションを付けるには、新規タンパク質と特徴付けられたタン…