macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

抗生物質耐性遺伝子 (ARGs)

メタゲノムcontigのビニングとアノテーションwebサーバー BusyBee Web

メタゲノムシーケンシング、すなわち微生物混合群集から無差別に抽出されたDNAの全ゲノムシーケンシングは、分類学的組成および環境マイクロバイオームの機能的可能性を研究するために首尾よく使用されてきた(ref.1-4)。従来の単離培養工程の独立性は、費…

metaplasmidSPAdes

2019 6/7 出力例 プラスミドは、それらの生存および適応にとって重要なさらなる遺伝物質を細菌宿主に提供するクロモソーム外に独立して複製されるDNA分子である。シーケンシング時代より昔は、抗生物質耐性または難治性有機化合物を分解する能力など、それら…

推定antibiotic resistance genes を予測するDeepARG

2019 7/5 dockerタグ修正 抗生物質耐性は緊急かつ高まる世界的な公衆衛生の脅威である。抗生物質耐性による死亡者数は、2050年までに年間1000万人を超え、世界中で約100兆米ドルかかると推定されている[ref.1-3]。抗生物質耐性は、通常、バクテリアが抗生物…

メタゲノムのraw fastqからantibiotic resistance genesを再構成する fARGene

2019 5/20 関連ツール追記 抗生物質耐性菌による感染は世界的に増加しており、公衆衛生に大きな脅威をもたらしている[ref.1]。抗生物質耐性は細菌種の固有の特性である場合があるが、その臨床的意味において、それは既存の染色体DNAの突然変異によって、また…

複数データベースを統合した包括的な薬剤耐性遺伝子データベース ARGminer

2019 5/4 タイトル修正 薬剤耐性(AMR)は、世界保健機関(WHO)によって世界規模の主要な健康上の脅威として認識されている。 AMRは2050年までに指数関数的に増加し、実質的なヒトの罹患率と死亡率をかなり増やすと予測されている。したがって、モニタリン…

NGSデータからAMRのgenotypeを調べるARIBA

Antimicrobial resistance(AMR)(薬剤耐性。抗生物質耐性(AR or ABR)はAMRのサブクラス)は、ヒトの健康に対する主要な脅威の1つとなっており、世界中で年間700,000人の直接的な死因と推定されている[論文より ref.1]。この脅威に対処しなければ、この数…

ゲノム配列やcontig配列からAMR遺伝子を検出する staramr

2019 7/5 コマンド修正 2019 7/8 説明の流れ修正 2019 7/14 動画追記 staramrはcontigやゲノムなどのDNA配列からAMR(Antimicrobial Resistance )原因(または関連)遺伝子を検出してくれるツール。ResFinderデータベースやPointFinderデータベースを検索対…

抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子を素早く検索する ABRicate

2019 3/1 コマンド及びランの流れ更新 2019 3/3 リンク修正 2019 3/14 condaインストール追記 2019 4/12 dockerリンク追加 ABRicateはTorsten SeemannさんがGithubに公開されている抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子、腸内細菌科プラスミドの検索ツール。web…

スタンドアロンのGUI環境で動作する抗生物質耐性遺伝子検索ツール SSTAR

Antimicrobial resistance(AR)は、近年急速に増加する現象であり、世界的な公衆衛生上の重大な脅威である(論文より ref.1,2)。 EnterobacteriaceaeやPseudomonasのような新興のカルバペネム系抗生物質耐性バクテリアは、多くの治療法を無効にしているた…

点変異も考慮して抗生物質耐性遺伝子を検出する PointFinder

バクテリア間の遺伝子の水平伝播は、しばしば後天性抗菌剤耐性のメディエーターになると考えられている。しかし、抵抗性を付与するもう一つの重要な方法は突然変異抵抗性である。WGSは、水平伝播で獲得された耐性検出のための細菌分離株の表現型感受性試験に…

抗生物質耐性遺伝子を検出する KmerResistance

抗生物質は、ヒトおよび家畜の両方で世界中で広く使用されており、疾患の治療または急速な成長を保証している。長年にわたり、これは抗生物質耐性菌の出現、選抜および普及のための好ましい条件を作り出してきた(ref.1)。 バクテリアの耐性プロファイルを…

NGSデータから素早くバクテリアの分析を行う MICRA

ハイスループットシーケンシング(HTS)技術は多くの微生物学的問題に対処するための費用対効果の高い便利なアプローチとして浮上し、この分野を大きく変えている。完全なゲノム情報にアクセスすることは、微生物学における基礎研究に革命をもたらし、例えば…

抗生物質耐性遺伝子のde brujin graphを出力する metacherchant

抗生物質に対する微生物の抵抗性(抗生物質耐性、AR)の広がりは、世界的な医療問題である。多剤耐性の病原性微生物は特に危険性が高い。 AMR(O'Neill、2016)の報告書によれば、AR関連死亡者の負担は、2050年までに年間1000万人、世界的な経済的負担は100…

Genomic islandsを検出し視覚化する IslandViewer

ゲノムアイランド(GIs)は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される(wiki)。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ(論文より ref.1,2)内のバクテリアおよびアーキアの適応度…