macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

アセンブリのgraph

ハイブリッドアセンブリのためのアライメントフリー scaffolding graph構築ツール Fast-SG

2018 10/26 タイトル修正 ゲノム全体のデノボアセンブリの主要な課題は、リピートを解決することである[論文より 1,2]。リピートは、ゲノムの複数の位置で生じるほぼ同一のゲノム配列に対応する。この課題に対処するために、主に2つのタイプのアプローチが提…

アセンブル結果の分析および統合を行う CAMSA

ドライの計算技術およびウエット実験技術を利用して、ドラフトゲノムからゲノムを再構築する様々な方法が存在するが、それらはアセンブリの一部のみを生成する。したがって、異なる方法によって作製されたアセンブリ結果を比較して統合することが重要となる…

アセンブルのgraphを可視化する GUIツール Bandage

2018 9/19 コマンド修正 2018 11/17 文章修正 2018 12/15 インストール追記 bandageはde novo assemblerのfastgファイルを入力として、graphパスを描画してくれるツール。て2015年に論文が発表された。 インストール 公式サイト 公式サイトからdmgファイルを…