macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2019-08-03から1日間の記事一覧

マッピングからコンセンサス配列を出力するbcftoolsのconsensusコマンド

2019 8/5 bcftools help追加 2019 8/30追記 変異株のリファレンスをゲノムに当て、その個体についてコンセンサス配列を作成したいことがある。 これはbcftoolsのconsensusコマンドを使って実行可能である。 https://samtools.github.io/bcftools/howtos/cons…

elprep 4

elPrep 4はelPrep [ref.1]の大幅に拡張された再実装であり、DNAシーケンシングパイプラインでのバリアントコールのシーケンスアライメント/マップファイル(SAM / BAM)[ref.2]を準備するためのマルチスレッドツールである。パイプラインでどの準備ステップ…