macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-02-27から1日間の記事一覧

RNA seqのクオリティコントロールツール RSeQC

RSeQCはクオリティ、GCバイアス、PCRバイアス、ヌクレオチド組成バイアス、シーケンスのデプス、strandの特異性、カバレッジ均一性およびゲノムのfeature上のカバレッジ分布など、RNA-seq実験を総合的に評価するパッケージ。SAMとBAMを入力として利用できる…

バクテリアのRNA seq自動解析パイプライン SPARTA

RNA seq実験の分析フローには多くの工程が含まれる(クオリティチェック、マッピング、定量、統計を使った発現変動遺伝子の検出)。これら RNA-seq分析ワークフローには多数のツールが発表されているが、各ステップで選択できるツールが多数あるため、適した…

RNA seqのクオリティチェックツール QoRTs

RNA-Seqは特定のバイアス、エラー、アーチファクトを受けやすく、堅牢で包括的なクオリティコントロールが必要である。QoRTsは幅広いクオリティ分析マトリクスを出力する多機能ソフトウェアパッケージ。様々な角度からRNA seqデータの分析を行い、1つの図で…