macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-08-08から1日間の記事一覧

fastq / fastaの操作ツール seqkit

2019 4/15 Githubリンク追加 2019 6/21 seqmit sample コマンド追記 2016年に発表されたfastqの操作ツール。競合ツールより多機能とされる。seqtkと同様、動作は非常に早い。メモリ使用量はseqtkより少ないとされる。 マニュアル Usage - SeqKit - Ultrafast…

クレード特異的マーカー遺伝子を使いメタゲノム配列のtaxnomy assigmentを行う MetaPhlAn2、クラスタリングするHclust2、系統樹を作成するGraPhlAn

2019 5/17 condaインストール追記、イントロ文章修正、 2019 7/2タイトル修正 2019 7/4 インストール追記2019 2019 7/6 インストール追記タイトル修正、誤解を招く文章を削除 MetaPhlAnは、メタゲノムショットガンシーケンスデータから微生物群集の構成をプ…