macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-10から1日間の記事一覧

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較 インストール編

CGView Comparison ToolはStothardの研究グループが公開しているバクテリアやプラスミドのゲノム比較ツール(以下CCT)である。複数ゲノムを比較して描画する機能を持つ。以下のような美しい図が簡単なコマンド指定だけで描ける。 比較ゲノム結果をビジュア…

GTFとGFFフォーマット

2019 10/15追記 GTF(General Transfer Format))はgeneのアノテーション専用のフォーマットと定義されている。それに対してGFF(General Feature Format)はtranscriptなどにも使えるよりジェネラルなフォーマットとなっている。この違いのため、例えばUCSC…