macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2019-03-01から1ヶ月間の記事一覧

スモールゲノムを可視化したり、複数ゲノムを比較して似た領域、異なる領域を可視化できる Gview

グラフィックなゲノムマップは、ゲノムの特徴および配列の特徴を評価するために広く使用されている。 CGView(Circular Genome Viewer)ソフトウェアファミリーは、バクテリア、オルガネラ、ウイルスのゲノムマップを生成するためのツールの人気のあるコレク…

editorial要約 Improving the usability and archival stability of bioinformatics software

2019 3/2 文章修正 ゲノミクスおよびシーケンシング技術の急速な進歩は、圧倒的な量と多様性の新しいソフトウェアツールとしてパッケージされた分析アルゴリズムをもたらした[ref.1]。 このような計算ツールは、ライフサイエンスや医学研究者がますます複雑…

IRLとIRRに挟まれたトランスポゾンのab initio挿入を 高感度に検出する panISa

20210910 誤字修正 2021 12/27 追記 2022 1/4 インストール手順変更 panISaソフトウェアは、ショートリードデータから、最初に(すなわち、データベースを含まないアプローチで)NGSデータ上の挿入配列を検索する。 手短に言えば、ソフトウェアは、潜在的なI…