タイトルの通りのツール。 ChewBBACA(Github)の出力に対応している。
インストール
#bioconda (link)
conda install -c bioconda cgmlst-dists
#from source
git clone https://github.com/tseemann/cgmlst-dists.git
cd cgmlst-dists
make
> cgmlst-dists
$ cgmlst-dists
SYNOPSIS
Pairwise CG-MLST distance matrix from allele call tables
USAGE
cgmlst-dists [options] chewbbaca.tab > distances.tsv
OPTIONS
-h Show this help
-v Print version and exit
-q Quiet mode; do not print progress information
-c Use comma instead of tab in output
-m N Output: 1=lower-tri 2=upper-tri 3=full [3]
-x N Stop calculating beyond this distance [9999]
URL
https://github.com/tseemann/cgmlst-dists
実行方法
ChewBBACAからのcgMLST allele callのファイルを指定する。
git clone https://github.com/tseemann/cgmlst-dists.git
cd cgmlst-dists/
cgmlst-dists test/boring.tab > distances.tab
出力
正の整数ではないアレルコールはすべてゼロに変換される。距離はハミング距離(wiki)だが、ゼロを除いたものになる。
引用