macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

virome

ゲノム配列からウィルス配列を同定してアノテーションをつける VIBRANT

細菌や古細菌に感染するウイルスは世界的に豊富であり、ほとんどの環境で宿主の数を上回っている [ref.1,2,3]。ウイルスは、感染時に宿主細胞の代謝状態を再プログラムすることができる義務的な細胞内病原性遺伝要素であり、多様な環境下で毎日20~40%の微…

メタゲノムデータからウィルスゲノムをアセンブルする metaviralSPAdes

2020 5/25 タイトル修正 2020 11/11 dockerリンク追加 現在知られているウイルスのセットは着実に拡大しているが、これまでのところ、地球上のウイルスのごく一部しかシークエンシングされていない。ショットガンメタゲノムシークエンシングは、新しいウイル…

prokaryotic virusのcontigをクラスタリングしTaxonomic assignmentを行う vContact2

2019 9/25 誤字修正 細菌と古細菌は、海洋と土壌の生態系での栄養とエネルギーのサイクルに役割を果たしており、人間の健康にも重要な役割を果たしている。細菌や古細菌に感染するウイルスは、殺害、代謝再プログラミング、または遺伝子導入によってこれらの…