macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

eLife (Journal)

塩基配列データから遺伝暗号(コドンテーブル)を予測する Codetta

遺伝暗号は「frozen accident」(参考)であると提唱されてきたが、過去40年間の代替遺伝暗号の発見により、ある程度進化しうることが明らかになった。ほとんどの例はanecdotallyに発見されたものであるため、コドン置換の進化の軌跡や、なぜあるコドンがよ…

StrainPhlAn3

チュートリアルより StrainPhlAnは、保存された種マーカー遺伝子およびユニークな種マーカー遺伝子内の一塩基多型(SNPs)に基づき、大規模サンプルセット全体の種を系統レベルで解決するためのツールです。StrainPhlAn ワークフローの最初のステップは、Met…

MetaPhlAn3

2022/02/24 kronaのコマンド追記 微生物群集の培養によらない解析は、特にショットガン・メタゲノミクスによる生物学的プロファイリングの手法の進歩により、この10年で劇的に進歩した。マルチオミクス、微生物参照ゲノム、株レベルの多様性へのアクセスがよ…

ピークコールを行う YAPC

Githubより YAPCはATAC-seq、DNase-seq、ChIP-seqなどのゲノムハイスループットシーケンシングデータ用のピークコーラーである。1つのタイムポイントにつき2つの生物学的複製を持つ時系列データセット(または複数の条件を持つその他のデータ)において、特…

遺伝子水平伝播を検出する kvasirHGT

マイクロバイオームの組成を特徴付けること、そして自然システムの生態学、農業および人間の健康におけるそれらの重要性を理解することにおいて、大きな進歩がなされてきた。しかしながら、これらの進歩にもかかわらず、マイクロビオームの多様性、構造、お…