macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

bigwig

bamファイルを使ってDNA/RNAシーケンスのピーク定量やbigwigのcoverage trackを作成する BAMscale

BAMscaleは、chromatin binding(ChIP-seq)およびクロマチン状態変化(ATAC-seq、END-seq)やchromatin state changes(ATAC-seq, END-seq)、RNA seqのシーケンシングデータセットを処理するワンステップツールである 。 出力には、テキスト形式の正規化さ…

WIGファイルの圧縮と解凍を行う smallWig

NGSのシークエンシング技術の発達により、DNA / RNAのシーケンスと発現解析のコストが劇的に減少した。 RNA-seqは、様々な種および生物、ならびに異なる器官および細胞集団の全トランスクリプトーム情報を提供する、重要かつ安価な技術になった。RNA-seq実験…

deeptools

deeptools2のペーパーより ハイスループットシーケンスデータのデータの分析は、引き続き研究者にとって大きな課題となっている。ハイスループットシーケンシングを用いた実験の多様性が急速に高まっているため、分析パッケージの数が増加し、洞察に富んだ視…

bamCoverageを使いカバレッジトラックを作成する

2019 9/13 インストール追記 deeptoolsはRNA-seq解析やchip-seq解析に特化したアライメントのカウント分析ツール(webサーバ)である。ヒートマップ出力などの機能を持ち、ツールの中にあるbamCoverageを使うと、bamのカバレッジ情報をwig形式などで出力してカ…

bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール

2019 3/20 誤字修正 bamからwiggleファイルに変換してviewerに取り込むと、カバレッジtrackとして表示できる。ただしそれにはsamtoolsのpileupを使いbamからwiggleファイルを作る必要があり、作り方がやや面倒だった。現在では、コマンド一発でwiggleファイ…