macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

PAV (presence/absence variations)

パンゲノムにおいて有意な関連性の遺伝子を検出する Coinfinder

原核生物および真核生物のパンゲノムのアクセサリー遺伝子は、遺伝子水平伝播、loss of gene、および選択の影響により蓄積する。 Coinfinderは、パンゲノム内の相同な遺伝子(遺伝子ファミリー)のセットが偶然に予想されるよりも頻繁に相互に関連または解離…

単離バクテリアゲノムのアセンブリ、アノテーション、比較ゲノム解析を行う高度に自動化されたパイプライン ASA3P

2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオキシチェーンターミネーショ…

(断片化した)バクテリアゲノムアセンブリを比較して遺伝子の有無を調べる GenAPI

細菌クローン間の遺伝子レパートリーの違いを見つけることは、病原性、抗生物質耐性、および代謝能力などの表現型の違いの遺伝的根拠を理解するために重要である。また、遺伝子の有無に関する情報を含む系統解析は、細菌集団において遺伝子が失われ、獲得さ…

パンゲノム解析を行う roary

2020 3/19 スクリプト修正 現在、典型的な原核生物のポピュレーションシーケンシング研究は、数百または数千の分離株で構成されている。 これらのデータセットを調べることで、原核生物ゲノムの遺伝構造に関する詳細な洞察を得ることができる。 ここではRoar…

パンゲノム解析を行う PEPPA

細菌ゲノムは、広範な相同組換え、水平遺伝子導入、遺伝子損失、遺伝子重複などの複雑な進化の歴史によって形作られている。細菌ゲノムの定義されたセット内のすべての遺伝子で構成されるパンゲノムは、系統学的推論および集団研究の基礎を提供できる。ここ…

2アセンブリ間の配列の有無を調べる scanPAV

遺伝的変異の完全なカタログについては、SNP /indelおよびCNVとともに遺伝的多様性および多様性のソースとして、Presence-Absence Variations(PAV)を含めることが重要である。このノートでは、一対のゲノム比較のための新しいアルゴリズムであるscanPAVを…