PAV (presence/absence variations)
2020 4/10 引用追加、タイトル修正 機能研究、進化研究、疫学研究のために比較ゲノムを使用するには、与えられた種での発現の観点から遺伝子ファミリーを分類する方法が必要である。これらの方法は、通常、分割や最適なクラス数を推論するための多変量統計モ…
原核生物および真核生物のパンゲノムのアクセサリー遺伝子は、遺伝子水平伝播、loss of gene、および選択の影響により蓄積する。 Coinfinderは、パンゲノム内の相同な遺伝子（遺伝子ファミリー）のセットが偶然に予想されるよりも頻繁に相互に関連または解離…
2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…
細菌クローン間の遺伝子レパートリーの違いを見つけることは、病原性、抗生物質耐性、および代謝能力などの表現型の違いの遺伝的根拠を理解するために重要である。また、遺伝子の有無に関する情報を含む系統解析は、細菌集団において遺伝子が失われ、獲得さ…
2020 3/19 4/6 スクリプト修正 2020 3/19 4/10 サンプル数が多い時のオプション追記 2020 4/13 追記 2020 5/11 リンク修正2020 5/25 わかりにくい文章を修正、roaryのランコマンド修正 インストール手順追記 2020 5/27 コメント追加 2020 6/7 ML法のコマンド…
2020 5/24 インストール手順修正、ヘルプ更新 細菌ゲノムは、広範な相同組換え、水平遺伝子導入、遺伝子損失、遺伝子重複などの複雑な進化の歴史によって形作られている。細菌ゲノムの定義されたセット内のすべての遺伝子で構成されるパンゲノムは、系統学的…
遺伝的変異の完全なカタログについては、SNP /indelおよびCNVとともに遺伝的多様性および多様性のソースとして、Presence-Absence Variations（PAV）を含めることが重要である。このノートでは、一対のゲノム比較のための新しいアルゴリズムであるscanPAVを…
