macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Nature Protocols (Journal)

タンパク質のコード領域を推定する TransDecoder

2019 5/8 インストール追記 2019 11/29 インストール追記 2020 7/12 仮想環境を作ってインストールするように変更, help追記,。 (コメントいただいたstepも修正しました。) 2020 8/11 リンク追加 TransDecoderはアセンブリなどで作ったcDNA配列からコード…

RNA seqのワークフロー タキシードプロトコル

2012年にnatureでtophatとcufflinksを使ったRNA-seq解析の手法が発表されている。 http://www.nature.com/nprot/journal/v7/n3/full/nprot.2012.016.html tophat、bowtie、cufflinksなどを使ったいわゆるタキシードプロトコルはRNA seqの1つのワークフロー…