macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

MLST

細菌プラスミドのデータベース PLSDB

プラスミドには、病原因子や抗生物質耐性機構をコードする遺伝子が含まれていることが知られている。メタゲノミクスデータ処理におけるその関連性は着実に高まっている。しかし、メタゲノム実験の普及と規模の拡大に伴い、報告されるプラスミドの数も急速に…

Natural product生産ポテンシャルも含めてMLST解析を行うwebサービス autoMLST

細菌単離株の進化の背景を理解することは、幅広い研究への応用が期待される。しかし、正確な種の系統樹を作成することは依然として困難である。現在、種の同定には16S rDNAへの依存が一般的になっている。残念ながら、この普及している方法では、配列の保存…

ユーザー提供のゲノムfastaからwgMLSTおよびcgMLST解析 を行う chewBBACA

細菌ゲノム疫学やアウトブレイク検出において、遺伝子ごとのアプローチがますます普及してきている。しかし、これらの方法論のためのスキーマ定義や対立遺伝子呼び出しのためのオープンソースのスケーラブルなソフトウェアが不足している。chewBBACAスイート…

cgMLSTコールから距離行列を出力する cgmlst-dists

タイトルの通りのツール。 ChewBBACA(Github)の出力に対応している。 インストール Github #bioconda (link)conda install -c bioconda cgmlst-dists#from sourcegit clone https://github.com/tseemann/cgmlst-dists.gitcd cgmlst-distsmake > cgmlst-dis…

最小スパニングツリーの計算と視覚化を行う GrapeTree

2020 6/5 誤字修正 2020 6/8 追記 7つのハウスキーピング遺伝子に基づくレガシーMLST(multilocus sequence typing)は20年前に導入され(Maiden et al. 1998)、現在では多数の細菌病原体の特徴付けに日常的に使用されている(Jolley and Maiden 2014)。MLSTは、…

従来型のMLSTタイピングを行う mlst

2020 6/4 コマンド修正 mlstは、ゲノム配列を入力として伝統的な7つの遺伝子座に対するタイピングを行う。PubMLSTのタイピングスキームに従う。 インストール 依存 Perl >= 5.26 NCBI BLAST+ blastn >= 2.9.0 You probably have blastn already installed a…

(病原性の)大量のバクテリアゲノムの自動解析パイプライン TORMES

2019 12/20 インストール手順修正 2019 12/21, 12/22結果追記 連休中は不定期更新になります。よろしくお願いいたします。 ハイスループットシーケンシング(HTS)技術の進歩およびシーケンシングコストの削減は、全ゲノムシーケンシング(WGS)が多くの…

rawロングリードから直接MLSTタイピングを行う Krocus

2019 4/16 コマンド修正 急速にコストが下がる中、Pacific Biosciences(PacBio)やOxford Nanopore Technologies(ONT)のようなロングリードシークエンシング技術がアウトブレイク調査に使われ始めている(Faria et al、2017; Quick et al、2015)。そして…

FASTAアライメントからSNP distance matrixを出力する snp-dists

snp-distsは、Torsten Seemannさん (GIthub) がGithubで公開されている、配列間のSNP数を計算して、行列出力するツール。 If you also want a SNP distance matrix from the alignment, I wrote snp-dists to match: https://t.co/CAM04kDSBP — Torsten Seem…

アセンブリ配列を使って全ゲノムMLST (wgMLST) を行い、アレルプロファイルから系統を比較・再構成する fast-GeP

2018 11/16 tips追記 2019 3/9 docker pullリンク追記 2019 11/8 誤字修正 2020 4/6, 4/7 実行手順追記 2022/07/21 コマンド修正 Multilocus sequence typing(MLST)などの遺伝子ベースのタイピング法は、バクテリアpopulationsのゲノム研究のための「ゴー…

メタゲノムシーケンシングデータからMLST タイピングを行う MetaMLST

2020 5/24 レポジトリが引っ越ししているので、リンク更新 2022/09/06 インストール手順更新 高分解能の微生物菌株同定およびトレースは、臨床および研究環境の両方において重要な課題である。微生物の菌株レベルのタイピングのための最も一般的な方法の1つ…

NGSデータからAMRのgenotypeを調べるARIBA

Antimicrobial resistance(AMR)(薬剤耐性。抗生物質耐性(AR or ABR)はAMRのサブクラス)は、ヒトの健康に対する主要な脅威の1つとなっており、世界中で年間700,000人の直接的な死因と推定されている[論文より ref.1]。この脅威に対処しなければ、この数…

バクテリアをstrainレベルで検出する StrainSeeker

病原性細菌の検出には、細菌病原体を迅速に同定する必要がある。このために、通常、病原体は単離され、PCRや全ゲノム配列が行われる。分子タイピングの主な目標の1つは、病原体をクローン群に分類することである。なぜなら、同じ種の系統は宿主に対して大き…