macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Algorithms for Molecular Biology

リファレンスフリー、アラインメントフリーの系統比較ツール SANS serif

計算パンゲノミクスや系統樹解析では、複数のゲノムを並行して解析することが大きな課題となっている。系統樹の再構成の従来のアプローチは、マーカー遺伝子のような特定の配列のアラインメントに基づいている。しかし、複数の配列のアラインメントの問題は…

ロングリードのリファレンスガイドアセンブリや連鎖地図のマーカーによるガイドアセンブリを行う Kermit

ハイスループットな第二世代シーケンシング技術は、大規模な新規アセンブリを可能にし、そして一般化した。しかしながら、それらのショートリード長は今日でも大きな問題を引き起こしている。1分子リアルタイムシークエンシング(SMRT)およびオックスフォ…

ショートリードとロングリードのハイブリッドエラーコレクションツール Jabba

2019 7/26 追記 生物のDNA配列の正確な決定、すなわち、DNA分子中のヌクレオチドA、C、GおよびTの正確な順序を確立することは、生物学における基本的かつ挑戦的な問題である。本質的にこのプロセスは2つのステップから成っている:(1)ケミカルプロセスによ…