macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2006

プライマーがどれだけユニークか調べるwebツール GenomeTester 1.3

GenomeTester 1.3はプライマーペアの結合サイトをゲノム全体から調べて、どれだけの断片が増幅されるのか予測するツール。データベース化されたヒトゲノムといくつかのモデル真核生物ゲノムで使用できる。 webサーバー http://bioinfo.ebc.ee/genometester/ …

配列をクラスタリングする cd-hit

似た塩基配列やアミノ酸配列をクラスタリングできるツール。例えば、de novo transcriptome解析でアセンブルを行った後、95%以上似た配列をまとめてlongestのものだけ残しunigeneにする、というような作業を行うことができる。 cd-hit-user-guideより転載。 …